In der Zeit der Frühgotik im 13. Jahrhundert entstand die Kirche.
Bis 1570 war Wahrenberg eine Filialkirche von Wittenberge. Danach wurde eine selbständige Pfarre gegründet. Bis zum Ende des 30-jährigen Krieges (1618-1648) gehörte sie noch 80 Jahre zur Kircheninspektion Putlitz, bevor sie dann zu Seehausen kam.
Über viele Jahrhunderte waren die "Edlen Herren Gans zu Putlitz" die Patronatsherren.
Ihre heutige Form bekam die dicht am Elbdeich stehende Kirche in der 2. Hälfte des 18. Jahrhunderts. Die Ursprungsgestalt lässt sich dadurch nicht mehr erkennen. Im Inneren lassen einige Abbruchstellen darauf schließen, dass der Chor eingewölbt war. Die Reste eines spitzbogigen Fensters schließen auf die Erbauung in der Frühgotik.
Von einem Seehäuser Tischlermeister wurde 1770 der hölzerne Kanzelaltar angefertigt. Die 1788 aus Bronze gegossene Glocke hängt in einem Fachwerkturm. Dieser Turm ist eine Besonderheit der Kirche. Er wurde nämlich in das Kirchenschiff hineingestellt und nicht wie üblich an die Kirche angebaut. Der metallene Taufständer wurde 1964 in einer Kunstschmiedewerkstatt in Berlin bearbeitet.
1977 wurde das Kirchendach umgedeckt und im Jahre 1982 der Fachwerkturm restauriert. Das Glockengeläut wird nach der Reparatur 1997 elektrisch betätigt.
Von Oktober 1997 bis März 1998 dauerte die Innenrenovierung. Ein Jahr später, 1999, wurde die Außenfassade restauriert. Das Dach wurde 2003 neu eingedeckt und 2005 fanden Umbauarbeiten im Inneren der Kirche statt.